生物质燃烧机的使用，从选料开始就要注意了，所用燃料尽量选用6-8mm的纯木屑生物质颗粒，千万不要用颗粒碎屑和杂质太多的颗粒燃料。在加料的时候，需要防止铁件进入料箱，以免损坏设备。除了燃料方面的注意事项，还有设备的运用。

通常情况下，炉膛是负压，同时还要禁止正压过大，否则就要加装引风设备；但负压也不能太大，以免造成热量流失。运转时一定要记住封闭料箱盖，以防回火；停炉时，一定要封闭隔料阀，也是为了防止回火。
当生物质燃烧机使用一段时间后，要注意对喷火嘴进行除焦，正确的方式是从火嘴处用木棒或铁棒轻轻击打焦块，使其脱离气化室内胆。